Kuna selle molekul sisaldab N-S-sidemeid, avaldab Kathon oma bakteritsiidset toimet, lõhkudes sidemeid bakterite ja vetikate valkudes. Mikroorganismidega kokkupuutel pärsib see kiiresti nende kasvu; see inhibeerimisprotsess on pöördumatu, põhjustades mikroobirakkude surma. Enne rakusurma ei suuda Kathon{3}}töödeldud mikroorganismid enam ensüüme sünteesida ega kleepuvaid biokile aineid sekreteerida. Tungides läbi külma veesüsteemi seadmete pinnale kleepunud biokile, kontrollib Kathon tõhusalt biokile all olevaid mikroorganisme.
Isotiasolinooni derivaadina on Kathoni koostoimeid erinevate bakteritega põhjalikult uuritud. Heterotsüklilise ühendina on selle bakteritsiidne mehhanism peamiselt mitte-oksüdatiivne, tuginedes heterotsükli aktiivsele osale, moodustades bakterivalkudes DNA alustega vesiniksidemeid, adsorbeerudes bakterirakule ja rikkudes seeläbi DNA struktuuri, muutes selle replitseerumisvõimetuks ja põhjustades rakusurma.
